Voici ma réponse, qui est essentiellement une version étendue de la réponse de Greg Graviton.
La question de savoir pourquoi on peut traiter la position et la vitesse comme des variables indépendantes se pose dans la définition du lagrangien $ L $ lui-même, avant on utilise l'équation de mouvement, et avant on pense faire varier l'action $ S: = \ int_ {t_i} ^ {t_f} \ mathrm {d} t \ L $, et n'a donc rien à voir avec le calcul des variations.
I) D'une part, considérons d'abord le rôle du lagrangien .On donne un instant de temps arbitraire mais fixe $ t_0 \ in [t_i, t_f] $. Le lagrangien (instantané) $ L (q (t_0), v (t_0), t_0) $ est une fonction à la fois de la position instantanée $ q (t_0) $ et de la vitesse instantanée $ v (t_0) $ à l'instant $ t_0 $. Ici, $ q (t_0) $ et $ v (t_0) $ sont des variables indépendantes . Notez que le lagrangien (instantané) $ L (q (t_0), v (t_0), t_0) $ ne dépend pas du passé $ t<t_0 $ ni du futur $ t>t_0 $. (On peut objecter que le profil de vitesse $ \ dot {q} \ equiv \ frac {\ mathrm {d} q} {\ mathrm {d} t}: [t_i, t_f] \ to \ mathbb {R} $ est le dérivée du profil de position $ q: [t_i, t_f] \ to \ mathbb {R} $, alors comment $ q (t_0) $ et $ v (t_0) $ peuvent-ils être des variables vraiment indépendantes? Le point est que depuis l'équation de mouvement est de 2ème ordre, on est toujours en droit de faire 2 choix indépendants de conditions initiales: 1 position initiale et 1 vitesse initiale.) On peut répéter cet argument pour tout autre instant $ t_0 \ in [ t_i, t_f] \,. $
II) Par contre, considérons le calcul de variation. La fonctionnelle d'action $$ S [q] ~: = ~ \ int_ {t_i} ^ {t_f } \ mathrm {d} t \ L (q (t), \ dot {q} (t), t) \ tag {1} $$ dépend du chemin entier (peut-être virtuel) $ q: [t_i, t_f] \ vers \ mathbb {R} $. Ici, la dérivée temporelle $ \ dot {q} \ equiv \ frac {\ mathrm {d} q} {\ mathrm {d} t} $ dépend de la fonction $ q: [t_i, t_f ] \ to \ mathbb {R} \,. $ Extrémisation de l'action fonctionnelle
\ begin {align} 0 ~ = ~ \ delta S ~ & = ~ \ int_ {t_i} ^ {t_f} \ mathrm {d} t \ left [\ left. \ frac {\ partial L (q (t ), v (t), t)} {\ partial q (t)} \ right | _ {v (t) = \ dot {q} (t)} \ delta q (t) + \ left. \ frac { \ partial L (q (t), v (t), t)} {\ partial v (t)} \ right | _ {v (t) = \ dot {q} (t)} \ delta \ dot {q } (t) \ right] \\ & = ~ \ int_ {t_i} ^ {t_f} \ mathrm {d} t \ left [\ left. \ frac {\ partial L (q (t), v (t), t)} {\ partial q (t)} \ right | _ {v (t) = \ dot {q} (t)} \ delta q (t) + \ left. \ frac {\ partial L (q (t ), v (t), t)} {\ partial v (t)} \ right | _ {v (t) = \ dot {q} (t)} \ frac {\ mathrm d} {\ mathrm {d} t} \ delta q (t) \ right] \\ & = ~ \ int_ {t_i} ^ {t_f} \ mathrm {d} t \ left [\ left. \ frac {\ partial L (q (t), v (t), t)} {\ partial q (t)} \ right | _ {v (t) = \ dot {q} (t)} - \ frac {\ mathrm d} {\ mathrm {d} t} \ left (\ left. \ frac {\ partial L (q (t), v (t), t)} {\ partial v (t)} \ right | _ {v (t) = \ dot {q} ( t)} \ right) \ right] \ delta q (t) \ end {align} $$ + \ int_ {t_i} ^ {t_f} \ mathrm {d} t \ frac {\ mathrm {d}} {\ mathrm {d} t} \ left [\ left. \ frac {\ partial L (q (t), v (t), t)} {\ partial v (t)} \ right | _ {v (t) = \ point {q} (t)} \ delta q (t) \ right] \ tag {2} $$
avec ap des conditions aux limites appropriées mène à l ' équation d'Euler-Lagrange, qui est l' équation du mouvement.
$$ \ frac {\ mathrm d} {\ mathrm {d} t} \ left (\ left. \ frac {\ partial L (q (t), v (t), t)} {\ partial v (t)} \ right | _ {v (t) = \ dot {q} (t)} \ right) ~ = ~ \ left. \ frac {\ partial L (q (t), v (t), t)} {\ partial q (t)} \ right | _ { v (t) = \ dot {q} (t)} ~. \ tag {3} $$
III) Notez que
$$ \ frac {\ mathrm {d }} {\ mathrm {d} t} ~ = ~ \ dot {v} (t) \ frac {\ partial} {\ partial v (t)} + \ dot {q} (t) \ frac {\ partial} {\ partial q (t)} + \ frac {\ partial} {\ partial t} \ tag {4} $$
est un dérivé du temps total , pas un explicite dérivée temporelle $ \ frac {\ partial} {\ partial t} $, de sorte que l'équation d'Euler-Lagrange (3) est vraiment une équation différentielle ordinaire du second ordre (ODE),
$$ \ left (\ ddot {q} (t) \ frac {\ partial} {\ partial v (t)} + \ dot {q} (t) \ frac {\ partial} {\ partial q ( t)} + \ frac {\ partial} {\ partial t} \ right) \ left. \ frac {\ partial L (q (t), v (t), t)} {\ partial v (t)} \ right | _ {v (t) = \ dot {q} (t)} ~ = ~ \ gauche. \ frac {\ partial L (q (t), v (t), t)} {\ partial q (t)}
\ right | _ {v (t) = \ dot {q} (t)} ~. \ tag {5} $$
Pour résoudre le chemin $ q: [t_i, t_f] \ to \ mathbb {R} $, il faut spécifier deux conditions initiales, par exemple $$ q (t_i ) ~ = ~ q_i \ qquad \ text {et} \ qquad \ dot {q} (t_i) ~ = ~ v_i. \ tag {6} $$